Градът е разположен в живописните югозападни склонове на Рила, по течението на р.Бистрица. През него преминава река Благоевградска Бистрица. Минералната вода на Благоевград е гореща, с температура 60⁰С, рН 9,3 и с обща минерализация 1,08гр/л, съдържа хидрокарбонатни, сулфатни, натриеви и флуорни йони, както и метасилициева киселина в колоидално състояние. В курорта се провежда БАЛНЕОЛЕЧЕНИЕ при хронични заболявания на: опорно-двигателния апарат: ревматологични :дегенеративни ставни заболявания -артрити, артрозоартрити, периартрити, спордилартрити; възпалителни ставни заболявания в стадий на ремисия –спондилити, ревматоиден артрит, болест на Бехтерев, тендовагинит; ортопедични и травматологични – миозити, тендинити, бурсити, следфрактурни състояния, след травматични състояния на връзки, стави и мускули, след алопластика на става, постоперативни състояния, за раздвижване при счупване, ; вертеброгенни заболявания: спондилити, спондилартрити, дискова болест; периферната нервна система – неврити, радикулити, плексити, ишиас; заболявания гръбначния стълб – дискова болест; гръбначни изкривявания; метаболитни заболявания – захарен диабет, подагра, затлъстяване; дерматологична патология. Минералната вода на Благоевград разтваря някои соли в урината и ПИТЕЙНО се прилага успешно при заболявания на бъбреците, изключително лековита за камъни в бъбреците и жлъчката.
Рилския манастир, Биосферен резерват „Парангалица”, Ски курорт Банско, Национален парк Пирин, гр.Сандански, гр.Мелник, Местност Рупите